總磷總氮都是判斷水質標準的重要指標，總氮是指水中有機氮、氨氮、亞硝酸鹽氮、硝酸鹽氮的總和。總氮量的增加，主要導致微生物和藻類等水生生物大量繁殖，造成水體富營養化。總磷是指水樣經消解后將各種形態的磷均轉變成正磷酸鹽后測定的結果，以每升水樣含磷毫克數計量。

　　水質分析儀是基于鉬藍法，聚磷酸鹽和含磷化合物在高溫、高壓的酸性條件下水解，生成正磷酸根，過硫酸鈉進一步把其他穩定的含磷化合物氧化為正磷酸根。正磷酸根離子在含鉬酸鹽的強酸溶液中，生成的銻化合物被抗壞血酸還原為藍色的磷鉬酸鹽。

　　在水質分析儀的使用過程常常會因為各種因素導致測量結果不盡人意，這些因素包括：

　　1、水中懸浮物過多的話，可用濾膜過濾后檢測。

　　2、若樣品中存在余氯，可加入適量的硫代硫酸鈉溶液去除，用淀粉-碘化鉀試紙檢驗余氯是否除盡。若水樣渾濁或有顏色時，可用于蒸餾法或絮凝沉淀法處理，參照國家環境保護標準HJ535-2009。

　　3、COD的測定：氯離子是主要干擾成分，儀器配用試劑帶有抗氯干擾能力，選用低量程測定COD，也可減小氯離子對測定結果的影響。

　　4、總磷的測定：水樣中砷含量大于2mg/L有干擾，可用硫代硫酸鈉除去。硫化物含量大于2mg/L有干擾，在酸性條件下通氮氣可以除去。六價鉻大于50mg/L有干擾，用亞硫酸鈉除去。亞硝酸鹽大于1mg/L有干擾，用氧化消解和氨磺酸均可以除去。鐵濃度為20mg/L，使結果偏低5%；銅濃度達10mg/L不干擾；氟化物小于70mg/L不干擾。

　　5、氨氮的測定：水樣中含有懸浮物、余氯、硫化物和有機物時會產生干擾，含有此類物質時要作適當處理，以消除對測定的干擾。

　　6、總氮的測定：氯離子濃度高于1．5g/L時有干擾．其它常見的陰、陽離子無干擾。氯離子可用硫酸汞消除干擾。